Di pondok pesantren ini, jenjang pendidikan yang diselenggarakan adalah sampai pada tingkat VI. Adapun waktu tempuhnya adalah masing-masing selama satu tahun pelajaran. Tahun pelajaran pesantren dibagi menjadi 2 semester. Semester ganjil dimulai pada bulan Syawwal dan berakhir pada bulan Safar, sedangkan semester genap dimulai pada bulan Rabi’ul Awwal dan berakhir bulan Sya’ban. Pendidikan di Ponpes Al-Luqmaniyyah juga menerapkan evaluasi di setiap akhir semesternya.
Berikut ini materi pendidikan yang diberikan di Pondok Al-Luqmaniyyah untuk masing-masing jenjang kelas (tingkat):
- Kelas Jurumiyyah
Jurumiyyah, Safinatunnaja, Tashrif Muqaddimah, Ta’limul Muta’alim, Nurud Dholam.
- Kelas Imrithy
‘Imrithy, Shorf Tegalrejo, Tausyih ‘ala Fathil Qarib, Kifayatul ‘Awwam, Bulughul Maram
- Kelas Alfiyyah I
Alfiyyah Ibnu Aqil I, I’anatut Thalibin I, Tafsir Jalalalain , Qawa’idul Asasiyah
- Kelas Alfiyyah II
Alfiyyah Ibnu Aqil II, I’anatut Thalibin II, Mafahim Yajibu An Tushohhah, Faroidul Bahiyyah
- Kelas Takhtim Bukhori
Shohih Bukhori, Taisir Mustholahul Hadits
- Kelas Takhtim Ihya
Ihya’ Ulumuddin
Setiap akhir tahun pembelajaran diadakan ujian terbuka Munaqasah kitab Alfiyyah Ibnu Aqil. Munaqasah diikuti oleh santri kelas Alfiyyah II yang sebelumnya telah mengkhatamkan kitab tersebut. Munaqasah ini diadakan untuk menguji seberapa jauh pendalaman santri terhadap ilmu alat (Nahwu dan Sharf).
Selain itu pada akhir tahun juga diadakan Wisuda Ihya’ untuk santri kelas Takhtim Ikhya’ sebagai ceremony telah mengkhatamkan kitab ihya’ dan telah menyelesaikan semua jenjang kurikulum di Pondok Pesantren Al Luqmaniyyah Yogyakarta.
Disamping itu masih banyak lagi materi penunjang yang diberikan kepada santri, antara lain: seni baca al-qur’an, seni hadroh, khitabah, penerbitan buletin, pengembangan bahasa asing (Arab dan Inggris), pengembangan TI, Olah Raga, dan beberapa keterampilan yang aplikatif dan produktif.
