Masa jabatan pengurus lama telah usai setelah pengurus lama masa jabatan 1437 H melakukan laporn pertanggungjawaban pada 21 September 2016. Beberapa waktu dekat ini pengurus Pusat pondok pesantren Al-Luqmaniyyah akan mengadakan pelantikan pengurus baru masa bakti 1438 H setelah melakukan pemilihan umum Ketua pengurus komplek.
Pemilihan kepala Pengurus komplek sendiri telah dilakukan pada 23 september 2016. Calon ketua dari komplek putra adalah A. Fairus asal Ponorogo, Yahya Hidayat Putra dari Bantul, dan Agus Miftahillah asal Salatiga. Sementara para calon dari putri adalah Ufi Nihayatin Niami Asal Cilacap, Afifatul Munawaroh asal Batang, dan Layli Mumbasithoh asal Cilacap. Dari para calon tersebut yang terpilih sebagai pengurus Ketua pengurus komplek adalah Yahya Hidayat untuk pengurus putra dan Aifatul Munawaroh untuk pengurus putri.
Rencananya prosesi pelantikan pengurus baru akan dilaksanakan pada tanggal 01 Oktober 2016 bertepatan dengan tahun baru hijriyah 1 Muharrom 1438 H.Kini pengurus pusat dan ketua pengurus komplek terpilih tengah mempersiapkan beberapa program yang akan dilaksanakan dan memilih beberapa nama untuk mendampingi Ketua terpilih dalam mengemban amanah selama 1 tahun kedepan.